انتخابات سومین دوره مجلس شورای اسلامی ۱۹فروردین۱۳۶۷ برگزار و نخستین جلسه آن در تاریخ ۷خرداد تشکیل شد. در این انتخابات مجمع روحانیون مبارز که از جامعه روحانیت جدا شده و گروه سیاسی جدیدی را تشکیل داده بودند، به اتفاق طیف همراه خود، یعنی دفتر تحکیم وحدت و انجمن‌های اسلامی صنوف مختلف، توانستند اکثریت مجلس را به دست بگیرند. حزب‌اللهی‌های آن روز (و اصلاح‌طلبان امروز) توانستند با شعار‌هایی ضدآمریکایی، عدالت‌طلبانه و اقتصادی و همچنین با متهم کردن جناح مقابل به طرف‌داری از اسلام آمریکایی، اکثریت مجلس را به‌دست گیرند. بنابراین، یکی از نکات مهم این مجلس شروع رسمی اختلافات بین نیرو‌های انقلاب بود. تا قبل از این هم اختلافات وجود داشت، اما وجود لیست‌های مختلف انتخاباتی درون جبهه به اصطلاح وفادار به رهبری، برای اولین‌بار در مجلس سوم اتفاق افتاد. علت این اتفاق را باید در انحلال حزب جمهوری اسلامی و نیز سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی و سپس انشعاب مجمع روحانیون مبارز از جامعه روحانیت مبارز دانست، اتفاقی که در آن زمان بسیار مهم و البته خبرساز بود.
در آستانه انتخابات مجلس سوم، تفاوت سلیقه‌ها و اختلافات قدیمی سر باز کرد و بر سر قرار دادن یا ندادن ۲ اسم در لیست جامعه روحانیت، پیشنهاد تشکیل یک تشکل روحانی مستقل از جامعه روحانیت مطرح و قرار شد موضوع به اطلاع امام (ره) برسد. پس از مطرح شدن این ایده، امام (ره) موافقت خود را با تشکیل مجمع روحانیون مبارز اعلام و حتی دستور دادند ماهانه مبلغی به‌عنوان کمک به این تشکل پرداخت شود. از آن پس مجمع روحانیون مبارز و هم‌پیمانانش خود را پیرو خط امام (ره) معرفی کردند و جناح مقابل را به طرف‌داری از اسلام لیبرال و آمریکایی متهم کردند. نهضت آزادی نیز تصمیم داشت در انتخابات مجلس سوم شرکت کند. بر این اساس وزیر کشور وقت با ارسال نامه‌ای به رهبری درباره حضور این جریان سیاسی در انتخابات استفسار کرد و پاسخی که به ایشان داده شد این بود که «نهضت آزادی برای هیچ امری از امور دولتی، قانون‌گذاری یا قضایی صلاحیت ندارد.» بنابراین این جریان از شرکت در انتخابات مجلس سوم منع شد.
در انتخابات مجلس سوم جناح راست توانست یک اقلیت صدنفره در مجلس داشته باشد. ابتدا ریاست مجلس با هاشمی‌رفسنجانی بود که پس از انتخاب وی به‌عنوان رئیس‌جمهور، مهدی کروبی جانشین او شد. مجلس سوم تنها مجلس جمهوری اسلامی است که ۲ رئیس مجلس داشت. از اتفاقات مهم این دوره می‌توان به خاتمه جنگ، رحلت امام (ره)، انتخاب آیت‌ا... خامنه‌ای به مقام رهبری و نیز بازنگری قانون اساسی اشاره کرد. پس از بازنگری در قانون اساسی، نام مجلس شورای ملی به‌طور رسمی به مجلس شورای اسلامی تغییر یافت. از دیگر اتفاقات مهم این دوره نطق پیش از دستور عبدالمجید شرع‌پسند، نماینده کرج، و انتقاد‌های تند او از وضعیت کشور بود که با برخورد تند مجلسیان مواجه و در نهایت مجبور به استعفا و از مجلس اخراج شد.
از دیگر نکات درخور توجه در دوره مجلس سوم، اختلاف شورای نگهبان با وزارت کشور بر سر تأیید صلاحیت‌ها بود. این ۲ نهاد بر سر ۳ مسئله انتخاب اعضای معتمدین هیئت‌های اجرایی، تأیید صلاحیت نامزد‌ها و تأیید صندوق‌های رأی و نتایج نهایی برخی حوزه‌های انتخابیه از سوی هیئت نظارت، اختلاف نظر داشتند. شورای نگهبان با تفسیری جدید از اصل۹۹ قانون اساسی، نظارت استصوابی را حق خود دانست و بر تأیید صلاحیت کاندیدا‌ها در تمام مراحل توسط این نهاد تأکید داشت، درحالی‌که وزارت کشور با استناد به ماده۵۰ قانون انتخابات و تبصره یک آن احراز صلاحیت را جزو وظایف هیئت اجرایی می‌دانست. این اختلاف نظر در نهایت به نفع شورای نگهبان به پایان رسید و نظر این شورا در تأیید صلاحیت‌ها لحاظ شد و از آن زمان تاکنون نظارت شورای نگهبان بر تمامی انتخابات‌ها استصوابی بوده است.
به لحاظ آماری، تعداد نمایندگان روحانی شهر تهران در مجلس سوم همانند مجلس دوم ۱۲نفر و در کل ۸۵نفر بود. نمایندگان زن شهر تهران در مجلس سوم همانند مجلس دوم ۴نفر بود و هر ۴نفر همان نمایندگان قبلی بودند که توانستند در سمت خود ابقا شوند.