گروه ورزش|شهرآرانیوز، به رغم آنکه فرهاد مجیدی به باشگاه استقلال تاکید کرده بود محمد دانشگر باید در این تیم باقی بماند، اما این بازیکن به طور رسمی قراردادش را با استقلال فسخ کرد. دلیل جدایی دانشگر نه از سوی باشگاه استقلال و نه از سوی مجیدی و نه حتی از طرف خود بازیکن شفاف سازی نشده، اما به نظر می‌رسد این بازیکن قبل از آغاز نقل وانتقالات پیش فصل برای جدایی از استقلال با مدیران باشگاه به توافق رسیده بود، اما این پرسش مطرح است که چرا رسانه‌های نزدیک به فرهاد مجیدی در روز‌های اخیر مدام به این موضوع تاکید می‌کردند که سرمربی استقلال از مدیران باشگاه خواسته این بازیکن حفظ شود؟!
حتی مجیدی تلویحا این موضوع را هم تایید کرده بود، اما درنهایت اتفاقی رخ داد که پیش بینی‌اش دشوار بود ودرشرایطی که استقلال نیاز به مدافعان باتجربه‌ای همچون دانشگر داشت، اما این بازیکن راه جدایی در پیش گرفت و با حضور در باشگاه استقلال در کمترین زمان ممکن قرارداد خود را فسخ کرد ورفت.
اینکه چرا باشگاه استقلال به این سرعت با دانشگر قطع همکاری کرده اولا به همان موضوع توافقات در گذشته مربوط است، اما موضوع دیگر که منجر به این جدایی شده به احتمال زیاد گذشت مدافع سابق آبی‌ها از حق و حقوق خود است و گرنه این بازیکن همچنان تحت قرارداد با باشگاه استقلال قرار داشت و طبق عرف باید در زمان جدایی مبلغی را هم به باشگاه پرداخت می‌کرد، اما پرداخت نشدن مطالبات این بازیکن سبب شد تا جدایی‌اش به سرعت رقم خورده و این مدافع از استقلال جدا شود. دانشگر در تمام سال‌هایی که در ترکیب استقلال حضور داشت همواره در تلاش بود خود را به عنوان یکی از گزینه‌های اصلی دراین تیم جا بیندازد.
او در مقاطعی هم موفق بود وحتی در برخی پست‌های غیرتخصص مانند مهاجم و مدافع راست هم به میدان رفت، اما درنهایت این بازیکن از استقلال رفت تا او نیز به تاریخ باشگاه استقلال ملحق شود. اینکه تصور کنیم دانشگر با شرایط کنونی دوباره راهی برای بازگشت به استقلال خواهد داشت، بسیار دشوار است و این مدافع برای حضوردوباره در استقلال باید به بازیکنی متفاوت تبدیل شود.