گروه ورزش|شهرآرانیوز، استقلال به پرونده‌های مالی متعددی درگیر است که یکی از شاخص‌ترین آن‌ها پرونده هرویه میلیچ، هافبک کروات است.
این بازیکن بعد از جدایی از استقلال به دنبال دریافت حقوق عقب افتاده‌اش است و از طریق وکلای خود درحال مقدمه چینی برای گرفتن حقوقش از باشگاه استقلال است.
اگر میلیچ پرونده شکایتش را با وکالی حــــــرفــــــه‌ای پی بگیرد این مبلغ بدون شک برای باشگاه استقلال دردسر‌هایی به وجود خواهد آورد و هرقدرهم که سود حاصل از انتقال مهدی قایدی قابل توجه باشد، اما به هرشکل این مبلغ نیز مشکلات مالی کمی برای باشگاه استقلال ایجاد نخواهد کرد.
مسئولان باشگاه استقلال، اما معتقدند شکایت این بازیکن کروات به جایی نخواهد رسید و با توجه به مستنداتی که در پرونده وی است، استقلال می‌تواند با ارائه لایحه دفاعی مطلوب، میلیچ را در این پرونده ناکام بگذارد، اما اگر این اتفاق رخ ندهد باشگاه استقلال و به خصوص مدیریت جدید با چالش مواجه خواهد شد و علاوه بردستمزد اولیه باید ضرر ناشی از سود دیرکرد را هم به حساب این بازیکن پرداخت کند.
باشگاه استقلال ید طولایی درپرداخت جریمه با بازیکنان خود دارد وبار‌ها اتفاق افتاده که به دلیل تاخیر درانتقال پول مجبور به پرداخت جریمه شده است.
درماجرای پرونده وینفرد شفر همین اتفاق رخ داد و مبلغی اضافه برآنچه باید به عنوان حقوق پرداخت می‌شد، به حساب این مربی واریز گردید و اگر حرف مدیران استقلال درپرونده میلیچ نیز به کرسی ننشیند دیرکرد دستمزد اولیه محاسبه و باشگاه استقلال مجاب به پرداخت آن خواهد شد. نکته عجیب درجدایی میلیچ این است که مدافع چپ پای استقلال درمیانه‌های فصل بیستم به دلیل اختلاف با فکری از استقلال رفت، اما بعد از حضور مجیدی به استقلال بازگشت، اما درکمال شگفتی پیش از پایان لیگ بیستم نیز از جمع شاگردان مجیدی جدا شد تا مشخص شود مسئله او و استقلال ارتباطی به نوع روابط با مربیان ندارد وپرداخت نشدن پول است که برای این بازیکن دلخوری به وجود آورده است.